02 tot 08 Maart 2016 - Onderuit en back on track

Ten eerste, heel erg bedankt voor de feedback die ik van iedereen heb gekregen op mijn eerste kleine projectje. Ik ben heel blij dat jullie het zo goed ontvangen hebben en hoop dat ik het commentaar in volgende projecten kan gaan toepassen :D. 

De afgelopen dagen waren erg druk en leerzaam voor me. 

Ik heb mijn eerste eigen experiment afgerond vorige week vrijdag, zaterdag even gewerkt om de data wat netjes uit te zetten en dit vandaag (Dinsdag) aan Ite laten zien. Het experiment was een zogenaamde 'Western Blot'. Een aparte traditie binnen de biomedische wetenschappen :). 

Als eerste werd de Southern blot ontworpen. Dat was een manier om DNA op een gel te laden en door middel van een ladingsverschil tussen beide kanten van de gel op grootte te scheiden. DNA is negatief geladen en wordt dus langzaam door de gel naar de positieve pool getrokken. Kleinere stukken DNA gaan makkelijker door de gel heen dan grotere stukken en zo kon DNA op lengte worden gescheiden. 

Vervolgens kwam de Nothern blot: hetzelfde principe, maar dan met RNA. 

De Western blot is de laatste in deze traditie en deze is voor eiwitten. Nu werken eiwitten heel wat anders dan RNA of DNA, maar het principe blijft gelijk: eiwit wordt op grootte gescheiden door de gel. 

Hoe zet je zo'n Western blot op?

1) Maak een gel. Afhankelijk van hoe groot je denkt dat het eiwit is dat je wil zien (of meerdere eiwitten die je wilt zien) zijn er verschillende recepten. Niet bijzonder moeilijk, gewoon het recept volgen en de juiste dingen bij elkaar mikken. Dan in een mooi vormpje gieten en even wachten tot de gel gezet is. Dan in een vochtige tissue in de koelkast bewaren. De gel zelf is net een soort van gelei als je die in je handen neemt. 

2) Laad de eiwit op de gel. De gel staat rechtop met 10 gaatjes of gleuven waar iets ingeladen kan worden, zodat het netjes in een rechte lijn naar beneden loopt. Je wil graag een ladder hebben, een mengsel van eiwitten met leuke kleurtjes waarvan je weet hoe groot ze zijn, waaraan je de rest van de eiwitten kan meten. Daarna heb je nog ruimte voor 9 samples (andersgezegd, dingen die je wilt meten). In mijn geval waren dat de eiwitten van mijn 4 cellijnen. Met de overige ruimtes kan je doen wat je wil; ik had in 1 van de gleuven een controle eiwit geladen. Meer controles in experimenten zijn beter ;p. 

3) Run the gel (de gel laten lopen). Dit gebeurt door er stroom op aan te sluiten. De gel staat in een soort bad met een zoutoplossing en heeft 2 polen die aangesloten worden op een stroombron. Dan laat je de gel 1 tot 2 uur onder stroom staan, tot je eiwitten voldoende van elkaar zijn gescheiden. Dit is goed te zien aan de ladder, die leuke kleurtjes heeft :). Je wilt niet dat je eiwit van de gel afloopt. 

4) Breng het eiwit van de gel op een 'blot' of een papiertje. In de gel kan je niet veel met het eiwit doen. De gel is erg kwetsbaar, dus daarom brengen we het over op een velletje (geen idee eigenlijk, een soort plastic ?). Dat gaat op dezelfde manier: 2 stroombronnen, waardoor het eiwt van de gel op de blot wordt getrokken. Dat duurt een uurtje. Wel in een koude kamer zetten, aangezien de blot anders smelt ;). 

5) Als het eiwit op de blot zit, kan je de eiwitten gaan kleuren. Ik wilde 2 soorten eiwitten kleuren en daarvoor gebruikte ik een antilichaam. Deze worden in het lichaam gebruikt om specifieke ziekteverwekkers te herkennen, maar in de biomedische wetenschappen worden antilichamen vaak ook gebruikt om een specifiek eiwit te vinden. Dus ook nu :). Antilichaam bindt nogal traag, dus overnacht in de koude kamer op een bewegend platform zetten.

6) De volgende dag was je het overgebleven antilichaam weg en voeg je een nieuw antilichaam toe, tegen het eerste antilichaam. Jazeker, een antilichaam tegen een antilichaam. Daardoor krijg je nog meer antilichamen op 1 eiwit en kan je het eiwit uiteindelijk makkelijker zichtbaar maken. 

7) Daarna pas kan je kijken of je experiment is gelukt en foto's maken van de blot. Mijn 2e antilichaam gaf (UV)licht als ik er 2 stofjes bijgooide, niet te zien met het blote oog, dus daar hadden we een speciale camera voor. 

8) Mijn experiment was gelukt! Ik zag de eiwitten die ik hoopte te zien met de antilichamen die ik had gebruikt. En dat voor mijn eerste experiment :). 

9) Met photoshop de fotos wat netter neergezet, zodat het overzichtelijk was en Dinsdag laten zien aan Ite. 

En wat denk je: alles fout gedaan! Controle eiwit niet goed gekozen, verkeerde antilichaam gebruikt, verkeerde hoeveelheid eiwit geladen etc. Met al dit commentaar zou iemand anders misschien ongelukkig worden, maar ik vond het niet erg. Al deze dingen doe ik de volgende keer niet meer fout en nu weet ik welke wetenschappelijke eisen ik in ieder geval moet stellen een mijn volgende Western blots (ja, ik ga er nog meer doen). Superveel geleerd dus :D. Ik ga vol energie mijn volgende experiment opzetten, om deze keer wel een goede Western Blot te krijgen. 

Verdere ontwikkelingen op het lab: morgen ga ik serieus met muizenwerk beginnen. Gezien de openbaarheid van mijn blog ga ik liever niet in detail treden (niet iedereen is enthousiast over proefdieren), maar ik ben natuurlijk bereid om dat in een wat persoonlijkere manier te bespreken (messenger, skype, email etc). Vrijdag gaan Prerna en ik onze nieuwe, 3 weken oude muizen dopen en een naam (nummer) geven ;). Dat wordt een lange dag ... *zucht*. 

Op het lab gaat het dus lekker. In mijn vrije tijd heb ik even de gelegenheid genomen om niets te doen na afronding van mijn eerste projectje. Daardoor iets meer niets gedaan dan ik voor ogen had, en daar het ik Zondag even op gereflecteerd. Elke keer dat ik 'wegglijd' van mijn gekozen pad leer ik weer wat meer over mijzelf. Ook deze keer weer. Ik word niet per se strenger voor mezelf, maar herken mijn zwakkere punten en bedenk een plan om dat te verbeteren of te vermijden. In dit geval heb ik opgemerkt dat ik de neiging heb om videos (Youtube, Netflix etc) te gebruiken als een manier om niets te doen. Eerst was mijn argument dat ik ze kon gebruiken om te ontspannen. Dat klopt wel, maar ik verlies ook energie en motivatie als ik deze videos veel kijk. Ik besteed meer tijd dan nodig aan het 'ontspannen'. Mijn beslissing: geen videos kijken, alleen als deze daadwerkelijk leerzaam of motiverend zijn (en guess what, dat zijn er niet zo veel, alleen wat kookvideos ;p). Het gevolg is dat ik meer naar podcasts (internet radioshows (?)) ben gaan luisteren, vooral van interviews met interessante, motiverende mensen. Deze podcasts geven mij nieuwe inzichten, nieuwe ideeen en andere invalshoeken op bepaalde onderwerpen en hierdoor hoor ik over onderwerpen waar ik voorheen geen kennis over had. En deze podcasts zijn zodanig dat ik geen interesse heb om ernaar te luisteren als ik ondertussen niet iets anders kan doen, bijvoorbeeld eten/koken/celkweek onderhoud etc. Iets waarbij ik niet mijn volledige aandacht nodig heb. Hierdoor ben ik eerder geneigd om na afronding van mijn taak aan de volgende taak te beginnen en blijf ik niet hangen in een tussenstand van onproductiviteit, zoals ik had met videos. Een paar podcasts die ik leuk vind: Freedomain radio (over filosofie en logisch nadenken over vanalles eigenlijk), LondonReal (interviews met succesvolle mensen), Joe Rogan Experience (interviews met succesvolle/interessante mensen). 

Iets dat ik tot nu toe merk (na dit 2 dagen gedaan te hebben), is dat ik rustig ben, minder gehaast, minder ongerust over welke videos ik 'mis' of hoeveel ik er kan kijken in mijn vrije tijd. Dat is van tafel, in ieder geval voor de komende 60 dagen. Daarna zie ik wel weer :). 

Daarmee zal ik het een beetje afronden. Hopelijk wat meer inzicht in mijn gedachtes, falen en leerweg. Je denkt misschien dat ik het wat mooi vertel zo, maar ik maak me eigenlijk niet druk dat ik voor mijn eerste experiment geen bruikbare data heb (Ite is niet bepaald zacht als het komt op kritiek ;) ), maar een jaar geleden had ik het zeker niet zo licht opgevat. Ik weet nog goed dat ik een mislukt experiment mij persoonlijk aantrok en er de hele dag mee in de maag zat. Nu maakte ik gelijk aantekeningen over dingen die ik de volgende keer beter kan doen. Ook dat wegglijden van mijn pad is niets nieuws en ik raak daar niet gefrustreerd over. Toen ik het opmerkte, nam ik eenvoudigweg de tijd om vast te stellen wat er verkeerd ging, waarom en wat ik de volgende keer anders kan doen, zodat het niet nog een keer (om dezelfde rede) gebeurt. Elke keer leer ik meer en groei ik meer :).